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漫画章节
对应动画
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414 妈妈是敌人!?（ママはライバル!?，Mama wa raibaru!?）
415 枪声的疑惑（疑惑の銃声，Giwaku no jūsei）
416 暗黑男爵夫人登场!（闇の男爵夫人登場!，Naito baronisu tōjō!）
相似的两位公主（续）（动画第333-334话）
417 通往死亡陷阱的黑暗之门（暗闇は死の罠の扉，Kurayami wa desu turappo no tobira）
418 无声黑暗中的杀人事件（暗闇の音無き殺人，Kurayami no otonaki satsujin）
419 黑暗光影之谜（黒い光の謎，Kuroi hikari no nazo）
东都现像所的秘密（动画第335-336话）
420 迫近的包围网（迫る包囲網，Semaru hōimō）
421 危机四伏（そこにある危機，Soko ni aru kiki）
422 无路可逃的标靶（逃れられないターゲット，Nogarerarenai tāgetto）
4台保时捷（动画第338-339话）
423 某位来访者留下的谜（ある来訪者の残した謎...，Aru raihōsha no nokoshita nazo...）
424 藏在小密室里的秘密（小さな密室に残された秘密，Chīsana misshitsu ni nokosareta himitsu）
隐藏在厕所的秘密（动画第340-341话）
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425 被隐匿的真相（隠されていた真実，Kakusareteita shinjitsu）
426 good-bye茱蒂（good-byeジョディ，Gubbai Jodi）
427 小兰的推理（蘭の推理，Ran no suiri）
428 难以置信的结局（信じられない結末，Shinjirarenai ketsumatsu）
便利商店的陷阱（动画第343-344话）
429 满月之夜、暗黑宴会的陷阱（満月の夜と黒い宴の罠，Mangetsu no yoru to kuroi utage no wana）
430 染血的幽灵船（血塗られた幽霊船，Chinura re ta Yuurei Sen）
431 透明人!（透明人間現る!，Tōmei ningen arawaru!）
432 工藤新一登场!?（工藤新一登場!?，Kudō Shinichi tojō!?）
433 面具下的真相（仮面の下の真実，Kamen no shita no shinjitsu）
434 RED APPLE
与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重迷案（2.5小时特别版）（动画第345话）
435 雨中的刻印（雨中の刻印，Uchū no kokuin）
寻找屁股上的印记（动画第346-347话）
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436 寻找臀上的印记！（おしりの印を探せ!，Oshiri no māku o sagase!）
437 灰原哀的决心（灰原哀の決意，Haibara Ai no ketsui）
438 被遗忘的手机（忘れられた携帯電話，Wasurerareta keitai denwa）
439 奇妙的电话簿（奇妙なメモリー，Kimyō na memorī）
440 另一位名侦探（もうひとつの名探偵，Mō hitotsu no meitantei）
被遗忘的手机（动画第350-351话）
441 选边站的推理秀!?（どっちの推理ショー!?，Docchi no suiri shō!?）
442 六面体的留言（六面体のメッセージ，Rokumentai no messeji）
443 解读死前留言的另一面（ダイイングメッセージの裏を読め!，Daīngu messeji no ura o yome!）
444 捏造出来的留言（仕組まれたメッセージ，Shikumareta messeji）
谁才是推理王（动画第381-382话）
445 53000之1的恶魔（53,000分の1の悪魔，Goman-hassen-bun no ichi no akuma）
446 甲子园恶魔的挑衅（甲子園の魔物の挑発，Kōshien no mamono no chōhatsu）
满席大甲子园 看不见的恶魔（2小时特别版）（动画第383话）
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447 破解三数字之谜！（3つの数字の謎を解け!，Mittsu no sūji no nazo o toke!）
448 没有提示!？（ヒントが無い!?，Hinto ga nai!?）
449 比赛结束...!？（試合終了...!?，Gēmu setto!?）
450 从天国直落地狱!?（天国から地獄，Tengoku kara jigoku）
451 无动于衷!?（全然平気!?，Zenzen heiki!?）
452 毫不疑心吗？（疑わないの?，Utaganai no!?）
本厅刑事恋爱物语6（动画第390-391话）
453 奇迹（奇蹟，Kiseki）
454 惊愕（驚愕，Kyōgaku）
455 战栗（戦慄，Senritsu）
456 逃脱（脱出，Dasshutsu）
怪盗基德之奇异的空中步行（1小时特别版）（动画第356话）
基德vs柯南 奇迹的空中步行（《魔术快斗1412》动画第16话）
457 学校奇谭（学校奇譚，Gakkō kitan）
帝丹高中的学校怪谈（动画第361-362话）
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458 足迹在哪里!？（足跡はどこに!?，Ashiato wa doko ni!?）
459 课桌椅的真相（残された机の真実，Nokosareta tsukue no shinjitsu）
460 海上的密室（海の上の開かれた密室，Umi no ue no hirakareta misshitsu）
461 钓饵有毒!?（釣りエサは毒!?，Tsuri ese wa doku!?）
462 亲切的烫伤（嬉しい火傷，Ureshī yakedo）
显而易见的码头惨剧（动画第366-367话）
463 秀吉的复仇（秀吉の大返し，Hideyoshi no ōgaeshi）
464 异样的感觉（違和感...，Iwakan...）
465 从天空绕道（大空の裏道，Ōzora no uramichi）
沉默的航线（动画第371-372话）
466 自星光悄悄的（星より密かに，Hoshi yori hisoka ni）
467 想望天空（星を見たかい，Hoshi o mitakai）
468 星空之愿（星に願いを，Hoshi ni negai o）
星星和香烟的暗号（动画第374-375话）
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469 星星知道一切（星は何でも知っている，Hoshi wa nandemo shitteiru）
470 前奏曲（前奏曲，Pureryūdo）
471 狂想曲（狂奏曲，Kapuriccho）
472 安魂曲（鎮魂曲，Rekuiemu）
473 即兴曲（即興曲，Anpuronputyu）
474 幻想曲（幻想曲，Fantajia）
斯托拉帝巴力欧斯不协调的和音（动画第385-387话）
475 封印（封印，Fūin）
476 机关（絡繰，Karakuri）
477 神器（神器，Jingi）
478 不朽的真理（不滅，Fumetsu）
奇异屋宇的大冒险（动画第394-396话）
479 疑惑的简讯（疑惑のメール，Giwaku no mēru）
奇妙一家的委托（动画第398-399话）
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480 疑惑的推理（疑惑の推理，Giwaku no suiri）
481 疑惑的不在场证明（疑惑のアリバイ，Giwaku no aribai）
482 疑惑的真相（疑惑の真相，Giwaku no shinsō）
483 解开锁之后（ロックをはずして...，Rokku o hazushite...）
满腹疑惑的小兰（动画第400话）
484 他送给她的东西（彼氏から彼女へ，Kareshi kara kanojo e）
485 从自杀变他杀（自殺から他殺へ，Jisatsu kara tasatsu e）
486 从天空到地上（天空から地上へ，Tenkū kara chijō e）
宝石抢劫犯（动画第401-402话）
487 现形的魔术戏法（出現マジック，Shūgen magikku）
488 机密档案（禁じられたファイル，Kinjirareta fairu）
489 魔术师之家（奇術師の館，Majishan no yakata）
490 不配当魔术师（奇術師失格，Majishan shikkaku）
柯南和平次的推理魔术（动画第406-408话）
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491 暑假的暗号（夏休みの暗号，Natsuyasumi no angō）
492 躺下来再洗把脸！（寝転んで顔を洗え!，Nekoronde kao o arae!）
493 完美解读!!（パーフェクト解読!!，Pāfekuto kaidoku!!）
神社牌楼的惊人暗号（动画第411-412话）
494 恶灵栖息的房屋（悪霊の棲む屋敷，Akuryō no sumu yashiki）
495 13年前的恶梦（13年前の悪夢，Jū-san-nen mae no akumu）
496 复苏的恶灵（蘇る悪霊，Yomigaeru akuryō）
497 遗漏的盲点（見過していたもの，Misugoshiteitamono）
498 第13年的冲击（13年目の衝撃，Jū-san-nen-me no shōgeki）
出现在佛灭之日的恶灵（动画第415-417话）
499 门铃怪客（ピンポンダッシュ，Pin pon dasshu）
500 新的黑衣组织成员（新たなる黒の者，Arata naru kuro no mono）
黑色冲击!被组织的魔掌触碰的瞬间（2.5小时特别版）（动画第425话）
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501 快追上目标！（ターゲットを追え!，Tāgetto o oe!）
502 新的指令（新たなる指令，Arata naru shirei）
503 黑衣组织v.s.FBI①（黒の組織VS.FBI①，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ichi）
504 黑衣组织v.s.FBI②（黒の組織VS.FBI②，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ni）
505 新老师（新しい先生，Atarashī sensei）
506 秘密的上学路①（秘密の通学路①，Himitsu no tsūgakuro ichi）
507 秘密的上学路②（秘密の通学路②，Himitsu no tsūgakuro ni）
充满神秘的上学之路（动画第427-428话）
508 不可能回到原点的两人（戻れない二人，Modorenai futari）
509 密闭的车子（密閉された車，Mippeisarete kuruma）
510 虚伪的爱情（偽りの愛情，Itsuwari no aijō）
无法回头的二人（动画第429-430话）
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511 气氛紧张的联谊（緊迫のコンパ，Kinpaku no konpa）
512 秘密的家庭访问（秘密の家庭訪問，Himitsu no kateihōmon）
513 无聊的比赛（つまんない試合，Tsuman'nai shiai）
514 大特奖！（大当たり!，Ōatari）
总局刑警恋爱物语7（动画第431-432话）
515 令人兴奋的采访（ワクワク取材，Waku-waku shuzai）
516 真凶的留言（真犯人の伝言，Shin han'nin no dengon）
517 少年侦探团（ザ・少年探偵団，Ze shōnen tantei-dan）
以侦探团为焦点的取材（动画第435-436话）
518 平次的回忆（平次の思い出，Heiji no omoide）
519 雪女之计（雪女の計，Yuki onna no kei）
520 谜样的缆车（謎のリフト，Nazo no rifuto）
521 雪女的银衣传说（雪女の銀衣伝説，Yuki onna no gingoromo densetsu）
服部平次vs工藤新一滑雪场的推理对决（未完）（1小时特别版）（动画第490话）